这到底是什么原因呢？
从“外部”来讲，即日本方面，明朝进入嘉靖时代，日本是步入其历史上的“战国”时期，君弱臣强，各地大小诸侯狗咬狗乱杀一团。在如此分崩离析的国度中，上自将军，下到浪人，个个都成为海上冒险家，争相涌入中国沿海抢劫杀掠。当然，其间还有葡萄牙（佛朗机）等西方殖民者的推波助澜。他们手法多多，形式多多，但目的只有一个，垂涎大明王朝巨大的物质财富。
从“内因”方面看，浙闽一带沿海的官宦豪强势力靠走私积累起巨大的财富，又凭金钱买通朝官为自己在京城“代言”，政治、经济能量巨大。这些人一直庇护海盗组织。同时，以大汉奸王直为首的海盗头子与日本人及佛朗机人勾打连环，里应外合，攻打起中国来熟门熟路。这些，再加上沿海悍猾奸民为暴利纷纷从倭，以至于“倭寇”来势汹汹。
当然，内因方面最关键的，还应推嘉靖朝廷政治的腐败与官员的贪渎，他们一级一级地烂下去，文官要钱，武官惜死，每次他们都借“平倭”为名大捞好处，克扣军饷，中饱私囊，巧取豪夺，横征暴敛，最终使得倭患愈演愈烈。
言及嘉靖时代的平倭过程，一定要提到如下数位：王忬、朱纨、张经、赵文华、胡宗宪、俞大猷、戚继光。可叹的是，今人谈起明朝倭寇的平灭，只知道“民族英雄”戚继光，其实当时比他抗倭早、名声大的武将还有不少。以俞大猷为例，当时就人称“俞龙戚虎”，无论资历功劳，俞大猷都在戚继光之上。
含冤而死的朱纨
谈嘉靖年间倭患，最早一定要提嘉靖二年（1523年）的“争贡事件”。
日本内部，将军幕府当时已经成为幌子，势力最大的是两个“战国”大名：大内氏、细川氏。双方皆垂涎于对明贸易所获的巨利，他们最终达成妥协：大内氏每次贡二船，细川氏每次贡一船。双方所携勘合也不同，大内氏持正德勘合，细川氏持弘治勘合。
嘉靖二年初夏，大内氏一方的贡使宗设谦道率三艘大船抵达宁波。很快，细川氏贡使鸾冈瑞佐也乘一大船泊岸。细川氏船少势弱，其中却有个华人宋素卿充当副使。这位宋爷深知中国官场的“规矩”，刚到宁波，他马上携大笔珍宝买通了主持市舶司的太监赖恩。赖公公有银子就是爹，马上特殊照顾细川氏一行使节，不仅先给他们一大船贡物验货放行，在设宴接待还让宋素卿等人坐于上座。
大内氏的贡使宗设谦道怒从心起，几杯绍兴老酒下肚，哇呀呀拔出倭刀，蹿上去先把与自己争座的细川氏贡使鸾冈瑞佐捅个透心凉，然后他指挥从人开始杀人，沿路放火，追杀宋素卿等人。
明朝地方政府没有任何准备，任凭宗设谦道一伙人拔刀追逐，如入无人之境。
杀得性起，这伙野蛮倭使从宁波一直杀到绍兴。宋素卿多亏腿脚快，才有幸捡得一命。
这种外国使臣商团在别人国家杀人放火之事，实属罕见。所以，明朝地方武备官员根本猝不及防。宗设谦道一行人杀烧过后，抢夺了几艘明朝军船逃往海上。其间，明朝指挥刘锦率水军去追，也被倭人以劲弩射死。
事闻，明廷震怒，逮治贪污受贿的太监赖恩和惹是生非的细川氏副使宋素卿，但对杀人放火后逃走的宗设谦道无可奈何。
大内氏听宗设等人回来诉说详情，心中也惧，怕明廷翻脸断绝往来贸易。那样的话，好处就损失大了。于是，大内氏派出使臣先赴朝鲜，希望朝鲜充当中间人调停。明廷不理。
嘉靖九年，日本将军幕府又托向明朝入贡的琉球世子代转陈情，希望明廷恢复市舶入贡。明朝回复，让日本方面擒送先前惹祸的宗设谦道。幕府当然交不出，交涉多年，一直延至嘉靖二十六年，明朝一直没有恢复与日本正常的入贡往来。
为了便于约束日本，明朝要求日本交出他们拥有的二百多道弘治、正德勘合，表示要换发新勘合。由于权不一出，日本方面无能为力。嘉靖三十年，大内氏头子大内义隆被手下人刺杀，勘合俱失，延续了百年的日明市舶贸易正式终结。也恰恰在这一时期，东南沿海贼人们方兴未艾，金子老、李光头等中国人勾结佛朗机（葡萄牙），王直、许栋勾结倭人，他们四处劫掠，在海上和沿岸设立“根据地”，准备大干一场。
从嘉靖十八年起，倭寇们干得热火朝天，每次均以华人贼寇为向导，或冒夜窃发，或白日行凶，鬼影一样突然冒出于富邑大城，杀人越货，无恶不作。
嘉靖二十一年，倭寇自瑞安（今属浙江）入台州（今浙江临海），攻杭州；二十四年，数十艘倭寇战舰泊于晋江（今福建泉州），四处抢掠；二十六年，倭寇各集部伍，在漳州、泉州一带海域专抢收过往商船、民船；二十六年，倭寇大抢宁波、台州，肆掠而去。
日久迁延，明朝的海防非常糟糕，昔日战舰十不存一，兵额严重不足。漳州、泉州那么大一片海防，从前旧额是二千五百人，到嘉靖二十六年仅剩一千兵不到，且多为老弱残兵。
在这种情况下，明廷起用右副都御史朱纨为浙江巡抚。朱纨，正德十六年进士出身，久历地方，很有远略。他到任后，严查渡船、抓紧保甲，搜捕奸民。同时，由于他布置有方，明朝将领卢镗率福清兵奋勇杀敌，很快就讨平了盘踞于覆鼎已一带的倭寇，并在九山洋水战中打败王直。
接着，明军在双屿筑置堡垒，擒斩真假倭寇不少，连大盗李光头也落网被杀。
但是，福建、浙江等地沿海豪民皆在朝中有代理人。他们看见朱纨严行海禁，搜杀内贼，极其骇怕，纷纷托人上告，诬称朱纨捕获的许多海盗是“良民”。朝中与沿海豪民有关系的御史立刻出面，劾奏朱纨“举措乖方，专杀启衅”，说他阻止了正常的对外贸易。
朱纨闻之激愤，上书争曰：“去外国盗易，去中国盗难。去中国濒海之盗犹易，去中国衣冠之盗（指地方豪强）尤难。”
明廷不辨是非，罢朱纨官职，派人到军中审问。朱纨慷慨流涕，表示：“我贫且病，又负气，肯定不能忍受审讯之辱。纵使皇上不想杀我，闽浙奸豪势力也要置我于死地。如此，我自决之，毋须他人！”于是，在兵部审讯官到来之前，朱纨仰药而死。
朝廷不罢休，逮捕先前打仗卖力的卢镗等人，均送入死牢严加看管。
自朱纨死后，朝廷又罢地方巡视大臣，于是“中外摇手不敢言海禁事”。由此，海寇、豪民们弹冠相庆，迎来了他们走私贩掠的大好时光。
远见卓识的王忬
嘉靖三十一年（1552年）夏，倭寇进犯台州，破黄岩，在象山、定海一带大掠。这时的“倭寇”，主角其实皆是中国人，其中以王直最为“著名”。
王直，安徽人，出身海上走私世家，他手下有不少倭人“雇佣兵”，甚受日本浪人爱信。而且，王直几大帮倭寇的中级指挥官也多为浙江、福建一带的沿海走私者和海盗。反观他们手下的倭人，“勇而憨，不甚别死生。每战辄赤体，提三尺刀挥而前，无能捍者。”这些发型丑怪、奇形异状的壮矮汉子，确实对明朝军民有一种心理威慑。
所有这些“倭寇”集团中，大的数千人，小的有数百人，王直最强，徐海居次，其余还有毛海峰、彭老生等十余个海上匪帮。他们往来近海，为害日烈。这些人不仅具有超强的战斗力，还善设伏兵，常常以少击众，弄得明朝地方政府焦头烂额。
明廷震怒下，只得派出都御史王忬提督军务。当时王忬正在山东巡视，闻命即赴浙江。
由于浙江本地军人“脆柔不任战”，王忬便以参将俞大猷、汤克宽为心腹，征调少数民族的狼兵、土兵到沿海，增修堡垒，严阵以待。
由于知人善任，指挥得当，转年，即嘉靖三十二年春，明军就在普陀大破倭寇。王忬不仅使用俞大猷、汤克宽这样的智谋勇略心腹，他还上奏朝廷释放出因受朱纨案牵累下狱的卢镗。同时，他发银犒兵，激以忠义，所以将士用命，皆愿效死。
这样，官军合力，夜袭倭寇巢穴，首战就斩首一百多，生俘一百多，倭寇落入水中溺毙的也有两三千人。本来此役可以一举擒获王直，不料，海上忽刮大风，官军水营大乱，王直趁机遁走。
此次普陀大捷，虽然获胜，却也打草惊蛇，使得倭寇由原先的大群集团活动改为分散袭扰。此后，温州、台州、宁波、绍兴等地均不时受到啸然忽至的倭寇杀掠，大为当地之患。
由于汤克宽率兵捕剿，倭寇便移舟北向，侵入松江、苏州等地。这些地区一直以富庶著称，倭寇们饱掠八方，满载而归。其中以华人萧显为头目的一部四百多人的倭寇组织为害尤烈。他们攻破南江、川沙两地后，尽屠当地居民，并在松江城下扎营，气势十分嚣张。不久，此部倭寇包围嘉定、太仓，四处杀人放火，残虐无极。最终，还是明将卢镗能战，率部掩击，阵中斩杀萧显，其残余倭众遁入浙江，被俞大猷部明军完全歼灭。
同年八月，太平府知州陈璋率兵在独山破倭寇，斩首千余人，余众乘船而遁。年底，倭寇啸集两三千人，齐攻太仓州。攻城不克，他们便分掠四境，当地居民惨遭荼毒。
明朝官军围追堵截，效果不明显，而沿海走私成习惯的奸民有不少人乘势化装成倭寇模样，四处抢劫杀人，这些海盗团伙中，真倭不过十之二三。