现代考古证实，秦始皇陵只是部分被盗，地宫尚未被盗掘。已出土的两乘铜车马位于秦始皇陵封土下面地宫西墓道的耳室里。有史料记载秦始皇陵地宫普遭火焚和洗劫，如果真是这样，那墓道旁的随葬品应该首先遭到破坏。但铜车马出土前没有遭到火焚和其他人为破坏，这也为地宫没有被盗火烧做了一个旁证。
十余年来，考古工作者在秦始皇陵封土四周进行了细致的钻探工作，先后打了4万多个探孔。钻探资料表明，秦始皇陵地宫四周均有4米厚的宫墙，还用砖包砌起来，并且找到了若干个通往地宫的甬道，发现甬道中的五花土并没有人为扰动破坏的迹象。只发现两个直径1米，深度不到9米的盗洞，但均远离地宫。
此外，秦始皇陵地宫中存在大量水银的事实，更是其未遭到盗掘的有力证据。因为地宫一旦被盗，水银就会顺盗洞挥发掉。由上述理由可以推断，秦始皇陵地宫可能没有被盗。随着最新科技手段的运用，地宫是否被盗掘和焚毁的真相将会大白于天下。
秦陵历代劫难
据史料记载，项羽对秦始皇陵墓的挖掘应该是秦陵所遭遇的最早的劫难，但是秦陵并没有因此变得安宁，反而西楚霸王的这次行为成了秦陵之后劫难的导火索，从那以后的几千年里，秦陵就再也没有平静过。
当西楚霸王掘陵的阴影还没有消散，西汉王莽的败亡，赤眉军入关中，就曾经对秦陵进行过大规模的“发掘诸陵，取其宝货”。
据有关记载，后赵的当权者石勒和石虎，在盗窃战国时的赵简子墓失败之后，来到了秦始皇陵。经过一番周密的钻探，他们在封土不远处开始了挖掘。这次，苦心没有白费，鬼使神差，他们竟然打开了通往秦陵地宫的墓道，取走了墓道门旁安装的数根铜柱。正当他们打算进一步向地宫深入凿挖时，被守陵人发现。两人不得不含恨忍痛放弃了秦陵，背着铜柱落荒而逃。
还有更为离奇的民间传说：清朝道光年间，秦始皇陵封土遭到了暴雨流水的冲击，陵墓北面的半腰间，竟然被暴雨冲击中出一个很深的洞窟。这个洞窟被附近村庄的一个老头发现后，立即传播开来。消息传到了一个土匪头子耳中，他立即率人以探测陵园为由进入洞窟，令所有入洞者大吃一惊的是，这个洞窟竟通入陵墓地宫。土匪头子对此大为兴奋，命人取了大批的珍宝出洞，溜之大吉。守陵人得知此事后，马上报告官府，官府派人堵死了洞窟，随之加紧了对陵园的看管，洞窟再未被掘。清朝灭亡之后，随之而起的是军阀混乱，陕西军阀又一次派兵挖掘了秦陵，取走了地宫大批珍宝。
传说毕竟只是传说，其真实性还有待进一步的考察。不过我们只要对上述的传闻稍做分析，就可以发现大多并不可信。试想，如果石勒、石虎两人的力量，连赵简子的墓都没有办法盗成功的话，又怎么能轻易就打通了坚如盘石的秦陵地宫？项羽当年率领千军万马，也对秦陵无计可施，二石难道有特异功能？退一步讲，即使是打开了隧道，依秦陵的坚固，作为支柱的铜柱两个人怎么能将其取下，别说“数根”，就是一根，恐怕也心有余而力不足。再说从历代对秦陵的防护上看，怎么能让他们又挖又刨而没有人发现呢？
“洞窟”的说法就更显荒唐。秦始皇几十年处心积虑建成的坚固陵墓，怎会如此不堪一击？一阵雨水冲击，就能冲出个大窟窿，那么秦陵修建完工这么多年，不早就被雨水冲得千疮百孔了？
不过可以肯定的是，秦陵作为一座超级天子大墓，以其埋藏丰富，必然会引起各种人物的觊觎。自它建成之日起，历代盗墓贼的确对其虎视眈眈，也确是作过种种努力。但是这种努力，在庞大的陵墓面前，显得是那么的微不足道，所以现代考古专家也曾预言说，传了千言的秦陵被盗也只是外围部分，秦始皇陵的地宫应该还是完好无缺的。当然，推测也仅仅是推测，至于真相如何，也只有等待秦陵真正开掘那天的到来。
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历史上最大的盗墓头儿：项羽盗秦始皇陵（3）
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历代对秦陵的维护
对于秦始皇帝陵的保护，早在秦代就设有专门的管理机构和人员守护。
经过四年楚汉战争，刘邦打败了项羽，建立了西汉王朝。为了笼络人心，公元前195年，刘邦下令对秦始皇陵妥为保护，安排20户人家住在秦始皇陵附近，作为守陵人看管秦始皇陵。此后，各朝各代的统治者对秦代帝王陵墓，也都下令保护。
西汉政府则把对秦始皇帝陵的保护，列于历代帝王陵墓之首。
北魏政府明确规定在秦始皇帝陵“四面各五十步，勿听耕稼。”隋炀帝也曾下诏保护秦始皇帝陵。
到了唐代，为了保护秦始皇帝陵，不仅规定“无得刍牧，春秋置祭。”还下令置庙，增加配享。
北宋政府在保护秦始皇帝陵方面，工作最为突出，曾多次下令保护。
明清时期，政府虽多次下令保护历代帝王陵墓，但均未惠及秦始皇陵。不过明代的都穆和清代的陕西巡抚毕沅曾在秦始皇陵做过实地调查。
现代考古过程
说来有趣，世人关注的秦始皇陵是由几个陕西农民无意间发现的。
1974年临潼区下和村杨培彦、杨文学、杨新满等几位农民在打井。
“这地咋这么硬呢？”“就是”，几位农民边打井边议论。“哎，听老辈子说这面好像有瓦爷（兵马俑）啊。”其中一人说道。“那你就刨一个”，大伙笑道。
“哎呦，快看这是什么？”一个人叫道，大伙上前一看，一个有鼻子有眼的泥做的人头。
“这难道真是瓦爷？”“先报告政府再说！”随后，这个瓦爷头引来了陕西省组织考古发掘队。
1974年3月，震古烁今的兵马俑出世。
随后的探测、试掘和部分发掘表明，这里放置兵俑和车马的从葬坑共有三个，这组陪葬坑位于秦始皇陵园东垣外一千米的地方，正当东门大道的北侧，是一组模拟军事序列，旨在捍卫地下皇城的“御林军”。
这些同真人真马等高的数以千计的陶俑群，都深入到现在地面以下五至七米，按照军事序列安排，分布在三个坑内。三个坑的大小不等，形状各异。第一号坑为一个长方形地下土木建筑，分长廊和十一条过洞，里面放满了排列成三十八路纵队与阵势的陶质武士和车马俑像。试掘面积中，出土武士俑五百余件，战车六乘，每乘四马，计陶马二十四匹。此外，还出土一批青铜剑、吴钩（弯刀）、矛、驽机、镞、铜殳等实战武器。
二号坑面积较小，约六千平方米，外形很象一把曲尺，是一个由步、弩、车、骑四个兵种穿插成曲形的混编队列。所用的兵器也依兵种和战斗位置的不同而有所分别，各自持有弓、弩、戈、矛、戟、钺、剑等。
三号坑最小，面积五百平方米，形似凹字。在坑的正面停放着一具面向东的华盖乘车，后随四个戴长冠的甲俑。在南北两个侧室里，分别布置着六十四个侍卫甲俑。专家们认为，这里是统帅一、二号俑坑兵阵的指挥部。
1974年7月，袁仲一先生在陵园外城东门附近初步调查了门阙遗址，发现了农民在平整土地过程中出土的门础石和石条等建筑遗物。
8月份对内城的系统勘探，订正了1962年调查时认为内城是方形的认识，经实测内城形状是南北大于东西的长方形。
1980年初，地宫南墙出土。
1979年到1982年间，封土西侧与北侧的墓道及东侧的五条墓道相继被发现。
1995年3月，在距封土北边沿130米处，张占民先生主持清理了由6组形制不同的大型建筑构成的陵寝遗址。
1996年至1997年间，在内外城之间的东南部又发现了一座面积达1.3万平方米的大型陪葬坑。
1998年7月对新发现的大型陪葬坑进行了试挖掘，出土了大批青石铠甲，引起社会各界强烈反响。
2003年12月27日上午，在北京召开的秦始皇陵考古遥感与地球物理技术成果验收会上，秦始皇陵考古队队长段清波宣布，通过最新遥感考古和物探勘查表明，中国第一个帝王陵园的布局之谜已经解开。
秦陵之谜
坐落在骊山脚下的秦始皇陵，虽然经历千年的风霜，但仍以其雄姿风骨让来往之人感叹。而秦陵下面那幽深而神秘的地宫，更是上至考古专家，下至平民百姓关心的话题。
秦陵的分布十分广泛。封土北侧有寝殿礼仪建筑群、饲官建筑群，封土外有两道长10千米的内外城垣，封土周围及东、西、南、北侧分布着数百座地下陪葬坑，秦始皇陵园封土、地宫、内外城垣形制及其礼仪建筑和布局不同于先秦任何一座国君陵园。这座帝陵陵寝规模恢宏、设计奇特。陵园工程之大、用工人数之多、持续时间之久都是前所未有的。不知道是不是这个原因，它给我们留下的疑问恐怕也是历代皇陵中最多的。就算到了科技高度发达的现代，对于秦始皇陵，我们还是有许多等解之谜。
谜团一：地宫有没有空间？
对于秦始皇陵的地宫有没有空间，到现在也是缠绕史学界的一个问题。根据秦陵主持人之一李斯的话“凿之不入，烧之不燃，叩之空空，如下无状。”