经过28轮漫长而艰苦的谈判之后，美国完全接受了朝鲜方面提出的“3a”条件——acknowledge(承认错误)，apologize(谢罪道歉)，assure(保证不再发生此类事件)。1968年12月23日，普韦布洛号82名被俘船员以及一具死亡船员的尸体在板门店被移交给了美方。普韦布洛号则被朝鲜停泊在平壤市大同江畔作为罪证陈列出来。
也就是在4月1日的下午，两年前炸馆事件后回国一直没有被安排重要工作的余晴川，突然接到紧急任务，要他立即赶到南苑机场。在那里余晴川与一个工作小组会和后，登上了一架空军专机。在飞机上，传达了总参雷伯雄和情报部门肖雄的命令：此行的目的地是海南岛的陵水机场，任务是检查迫降在那里的美国ep-3侦察机。尽管事先已经猜到了这一点，余晴川还是感到十分的振奋。这是一次极为难得的机会。他拿出了已经搜集到的有关ep-3侦察机的资料。不愧是未来信息特种部队的大队长，即便没有这次任务，平时就注意搜集资料。在得知撞机事件的第一时间，就把相关的资料全带上了。
这架ep-3是美国先进的装配有尖端电子侦察设备的战术性侦察机，属美国武器装备中最绝密、最敏感的一种机型，由美国洛特希德飞机公司制造。第一架ep-3侦察机1969年加入美国海军服役。ep-3侦察机最多可容纳24人，包括7名官员和17名机组人员。主要功能是提供军事战区指挥系统有关战略活动的相关情报，监察中国军方在近岸及南中国海的活动。
在登机之前，余晴川等人还收到了一份美国最近在中国沿海侦察活动情况的通报。对美机的拦截并非始于今日，1999年达20次以上，2000年上升超过30次，显示美国测试中国空防、空军能力的侦察活动逐年上升，自然引起高层的关注。北京举行第九届四次全国人大、政协会议期间，也就是3月6日、7日曾发生两起美国军用飞机在黄海、东海上空进行侦察活动：3月6日中午，美国两架高空侦察机从冲绳基地起飞，进入黄海上空对正在进行海上军事战略演习的中国北海舰队潜艇进行侦察活动。3月7日清晨，美国军机从日本基地分两批起飞，每批一架侦察机在两架f15战斗机护航下，进入东海上空国际航空区域中线迂回飞行，测试华东地区空防的反应。这两次都被中国战斗机拦截、迫走。执勤单位不但受到所在军区的赞扬，并获中央军委3月9日颁发嘉奖令。中央军委副主席张万年、国防部部长迟浩田还接见了立功的集体和个人，赞扬军队保持着高度的战备警惕性和昂扬精神。种种迹象表明，这次“擦枪走火”事件决非偶然。
尽管美国一再要求中国在没有美方许可下，不能登上或搜查被逼降海南岛陵水机场的侦察机。但是中国可不管这一套。在余晴川等人到来之前，美方机组人员就已经被“请”下了飞机。一登上这架飞机，余晴川的眼前真是一片狼藉。这是在余晴川意料之中的事情。这种侦察机上的机组人员一定经过专门训练，一旦决定迫降，机员就一定会按照平素的训练，依据销毁机密文件指示清单里规定的所有项目，开始毁掉各种机密资讯及仪器。前后大约有15分钟，直到中国军人登机。
经过初步的勘查之后，余晴川感到十分惊喜。飞机上的所有天线几乎都完好无损，这样就可以知道全部频率。还能查出接收器的操作波段和美国使用的通信频率。能够跟踪跳频无线电频率变化的调谐器也很完好，稍加技术分析就可以知道它们的“瞬时带宽”，即调谐器能够跟踪的一系列频率。掌握了这些数据，就能设计出频率超越这些调谐器处理能力的无线电。美方机组人员试图破坏或销毁的敏感资料和仪器并不彻底，只是使它暂时无法使用而已，还没有到无法破解的地步。在如此短的时间内，他们不可能把一些东西烧毁，也不可能把它们扔到飞机外面。破坏程序包括利用电子方式销毁敏感的软件和硬件，但飞机上有很多电脑的软盘和硬盘，即使被毁坏了，余晴川也有信心重新恢复。
很短的时间内，军中各路技术顶尖高手都聚集到了这个小小的陵水机场。几个专业小组分工协作，开始了夜以继日的研究工作。余晴川负责通讯这一组，研究能够接入战斗机使用的战术数据网link-16和“proforma”代码。负责研究抗干扰超高频通信系统的第二组收获也不小。他们发现ep—3侦察机新安装了anc一187取代了过时的arc-156，这种系统可使飞机与盟友进行安全的通信。第三组分析的侦查仪器更先进，它不但可以从美国侦察机上偷听并侦录到被侦察对象的声音，还可以辨认出声音是从谁的口里发出的……。
这一次可不像1966年以色列摩萨德偷的那架苏联制造的米格-21那么简单，那时候把飞机一拆就知道怎么造的了。也不象1976年维克多·别连科上尉驾驶当时世界上独一天二的超保密战斗机——米格-25叛逃降落在日本的函馆民用机场那样简单。那一次200多名美国飞机制造、武器装备、电子、冶金和空气动力学方面的专家，把“飞机开了膛”，在拆卸分解过程中，拍摄了数千张照片，然后又把拆散的“米格”机装入巨型运输机运抵美国。现在不同了，信息技术的发展太快太快了。这架ep—3的情报价值是连做梦都想象不到的。余晴川等人兴奋得几天几夜没有合眼，抓紧一切时间进行着研究工作。以便日后做中国最擅长的“反向设计”。
就在余晴川这位未来信息特种部队大队长紧张忙碌的同时，未来他手下的哼哈二将——丁奎和方磊也没有闲着。此时的丁奎和方磊还只是民间的“红客”，认识余晴川那是后来的事情，包括“红客”这个词，也是后来人们为了区别于“黑客”而起的，表明自己是有正义感、热爱和平、关心祖国安危的一群人。这几天，丁奎和方磊他们至少攻击了9家美国网站。这其中既有美国政府的网站，包括两家属于美国海军的网站，也有美国企业的网站。网站的主页被贴上了烈士王伟的照片和中国的国旗，播放着中国国歌。中英文的抗议信息警告着美国：“中国拥有原子弹”。
丁奎和方磊等“红客”的攻击发泄了对美国“very
sorry”道歉的不满。4月3日，也就是撞机事件第三天，中国政府就一直要求美国作出道歉，中国国家主席江泽民说，美方应该就军机相撞事件向中国人民道歉，承担全部责任，并停止在中国附近海域进行侦察活动。但是，美国仍然拒绝承担撞机的责任，也没有表示要停止侦察活动。4月4日，美国国务卿鲍威尔也只表示了“遗憾”（regret），坚持不为这次的事件“道歉”（apology）。美国政府在此事件上所谨守的“遗憾”与“道歉”的分界，是极明显的。翌日，美国总统布什也加入“遗憾”行列。在美国进行的民调显示，大多数美国人认为向中国道歉是不合适的；而在中国，也引起了一股愤怒的民族主义浪潮。……双方僵持不下。
有外电评述说：中美两国的鹰派一直是在互相帮助，互相支持对方的成长。中美军方都在试图左右国家政策，而布什与江泽民，现在都有可能被军方人士牵着鼻子走，被危机的局势牵着鼻子走。中美双方鹰派的斗争，正促使中国大陆民族主义情绪的滋生和激化。中国军方显然对美国政府同意向台湾出售包括宙斯盾驱逐舰在内的一系列先进武器感到十分不满。甚至有人中国军方在中美撞机事件的细节上向国家领导人撒了谎，才促使江泽民要求美国道歉，并使他处于困境。如果江泽民对美国让步，军方将不会支持他。另一方面，美国政府主导处理这次事件的美国务卿鲍威尔及其副手阿米蒂奇，也是重夺美国的外交大权，扭转过去10年国务院被国家安全会议、国防部分权的颓势。他们主张鼓励中国透过谈判解决僵局。有报道说，其中起关键作用的是4月4日托中国驻美大使转交中国副总理钱其琛的信件，向中国领导人，特别是江泽民提供了美方的直接信息，避免误判。
4月9日，美军机暂停在中国沿海侦察飞行。
中国外交部发言人要求美国向“中国政府和中国人民道歉”。4月10日要求美国“向中国人民作出交代”，张万年在纽西兰也要求美国必须向“中国人民道歉”。道歉对象在悄悄地转变者缩小。其间王伟妻子又写信给布什，指责他“懦弱得连道歉都不说”。
对中国政府、中国人民还是向飞行员王伟家庭的道歉，已经成为美国解决此事件的决策考虑因素之一。有分析家认为预测：对江泽民而言，“如果江泽民对美国让步，军方将不会支持他。”而对布什而言，大兵们在中国呆一段时间，能给他带来巨大的利益。外部的危机，特别是良性的，对布什而言就是良机。美国人认为，不论是从外交和国际关系的角度考虑，还是出于国内政治的压力和所谓真相尚未查明的理由，都无法就撞机“对中国政府道歉”。
最终，美国还是做出了一个可以接受的务实选择。在布什总统8日回给王伟妻子的信中，据称是“按美国的方式，以人道之心回复一个痛苦的遗孀”——向王伟家庭进行“伯仁式”的道歉。