包括至今也迷雾重重的许多问题，例如：撞向五角大楼的到底是不是77号航班？93号航班上是不是发生过乘客与劫机分子的搏斗？有没有航班被受命的美国战机击落？甚至有人怀疑：副总统切尼为什么不让布什飞回华盛顿，而叫他在天上飞来飞去？
11:45，“空军一号”降落在路易斯安那州的巴克斯代尔空军基地。随后，军队宣布进入最高戒备，15分钟后，美国宣布关闭与加拿大和墨西哥的边境。战争的硝烟似乎越来越浓重。此时，媒体已经开始不停发问：总统到哪去了？他为什么还没回到华盛顿？
其实，布什的智囊团从他抵达巴克斯代尔空军基地的一刻就开始担忧：此时此刻，事态如此严重，总统的表现对他的形象至关重要。但这确实是两难的选择：如果布什不顾秘密警察和切尼的反对回到华盛顿，他很可能被指责不顾大局，执意将自己暴露在外，成为恐怖分子的袭击目标，一旦发生意外，整个政府将陷入瘫痪。但是，如果不回去，会有很多人指责他懦弱，只顾个人安危，忽视了民众的恐慌心理。此时，一条假消息又传了出来称：“‘空军一号’是恐怖袭击的下一个目标。”白宫官员很快让这条消息尽人皆知，总统本人成了恐怖分子的下一个目标，谁还会为总统未能及时返回而批评他胆小怕事呢？一个星期后，白宫发言人弗莱舍不得不承认：“这是个假消息。”那么，是谁安排了这一切？很多人指向切尼。美国一位不愿透露姓名的官员说：“这条消息有两个作用：使切尼不让布什回来的理由更为有力，而且让布什名正言顺不必返回华盛顿。”
13:15，“空军一号”再次起飞，布什不想再在何去何从上浪费时间。他决定了，按切尼所希望的，飞往内布拉斯加州的奥富特空军基地。
13:27分，华盛顿特区宣布进入紧急状态。美国国防部随即宣布，两艘航空母舰和5艘其他舰只将从弗吉尼亚州诺福克海军基地出发，驶往纽约和华盛顿地区的海域；空军出动飞机在美东地区上空巡逻，防止恐怖袭击重演。
14:50，“空军一号”到达奥富特空军基地。布什很快就被送到一个可以抵御核武器袭击的地下掩体中。这个空军基地不仅拥有美国最严密的防御系统，还有着先进的战略和通讯中心。在这里，布什可以同身处白宫的切尼和赖斯、五角大楼的拉姆斯菲尔德和国家安全委员会成员召开电视电话会议。会议进行了一个多小时。就是在这次电话会议上，赖斯和她的助手告诉布什：很多证据表明，这次袭击很可能是本拉登及其领导的基地组织密谋制造的。
16:00，会议结束之际，布什再次表示，他希望尽快返回华盛顿。此时，距恐怖分子的最后一次袭击已过了6个小时。布什身旁的人已经明显分为两派：一派以特工处为代表，坚决希望布什留在空军基地；另一派则更清楚地认识到，迟迟不归，布什将付出沉重的政治代价。
16:36分，“空军一号”起飞，这次是直飞华盛顿。布什拨通了劳拉的电话：“我回来了。”
18:30分，总统座机在两架f16战斗机的护送下降落在安德鲁空军基地。25分钟后，布什回到了白宫，他立即被带到总统紧急作战中心的掩体室里，几分钟后，正在秘鲁进行访问的国务卿鲍威尔经过8小时的长途飞行也赶回来了。在总统紧急作战中心，布什召开了那一天的第二次国家安全会议。
就在911事件的当天，美国就把目标锁定了本拉登和庇护他的阿富汗塔利班政权。阿富汗塔利班政权也于911当天发表声明，否认正在阿富汗避难的本拉登与发生在美国的这一系列恐怖袭击事件有关。
拉登3个星期前就曾扬言准备对美国利益进行“重大打击”。近年，包括袭击美国驻也门亚丁海港的科尔号战舰在内的一系列恐怖事件也都与拉登有关。美国情报机构的最新发现表明，1993年2月26日纽约世界贸易中心一栋办公大楼停车场发生的爆炸事件一案也与拉登有关。
阿富汗的塔利班政权，则是因3月份炸毁阿富汗境内两尊巴米扬巨佛而引起举世关注。塔利班是波斯语“学生”的意思。阿富汗在经历了十多年反苏战争和三年反伪政权的战斗，1994年，一位难民营中的伊斯兰教导师带领几个年轻人揭竿而起，很快夺取了政权。奉行伊斯兰教原教旨主义的塔利班，要建立世界上最纯洁的伊斯兰教国家。他们销毁电视、录音机，恢复了旧伊斯兰法律中那些最残酷的刑罚；逼迫女性用罩衫从头到脚遮盖起来，甚至连眼睛都不能露出；他们把人民从学校里赶出，谁也不能读书，除了自己奉为圭臬的《古兰经》。巴米杨佛像坐落在距离首都喀布尔西北230公里海拔2500米的高原上，由两座分别高达53米和58米的石雕佛像组成。这两尊佛像的历史大约可以追溯到公元5世纪。2月26日，塔利班领导人奥马尔以反对偶像崇拜为由，下令摧毁阿富汗境内的所有佛像。认为这些实际上只是假神像的佛像违反和冒犯了伊斯兰教。实际上这背后掩盖着塔利班文物走私“创收”的真相。奥马尔对此解释说，他的政令所要求的不过是砸石头而已。为了挽救世上最高立佛，联合国教科文组织发动了国际救援行动，但没有奏效。
美国东部时间12日02:32:本拉登否认参与袭击美国，但称完全支持该行动。
10:45：美国总统结束与国家安全小组紧急会谈，发表声明称9月11日恐怖分子对纽约和华盛顿的袭击不仅仅是一个恐怖行动，而且是一个“战争行为”，美国将对这个事件追查到底，对恐怖分子决不姑息纵容，不管他躲在哪里。
同一天塔利班也再次发表声明称：如果本拉登涉嫌美国恐怖袭击，它会考虑将其引渡。鲍威尔称：拉登在很大程度上与这次恐怖活动有关。伊拉克总统萨达姆则发表声明说：美遇袭事件是自食其果。
美国东部时间13日，鲍威尔证实本拉登是恐怖袭击事件头号嫌疑犯。
17:51，白宫加强安全措施副总统切尼撤至戴维营。
14日，美国国会参众两院正式授权布什对恐怖分子采取军事行动，批准400亿美元紧急拨款配套。布什同意国防部要求，批准动员5万名预备役军人。美联邦调查局公布涉嫌劫机制造恐怖事件的19人名单。
同一天，印度表示愿为美军提供地面基地，战争迫近阿富汗。随后，塔利班称本拉登随时可以离开阿富汗。
美国东部时间15日：01:06：美军8架f-117隐形战机飞抵印度，并进入最高战备状态。
02:10：特种突击队已经在波斯湾就位，美军称可能于美国东部时间9月16日完成兵力部署。
同一天，原本大力支持塔利班的巴基斯坦，掉转头决定全面支持美军行动，巴方将开放其领空，关闭巴基斯坦与阿富汗的边界，并同意让多国部队进驻。
11:52：布什首次认定拉登是恐怖袭击事件头号嫌犯。
12:20：布什发表广播讲话：美在准备对付恐怖分子的全面战争。
16日，美第7舰队舰只频繁调动，小鹰号航母本周离港。俄命令驻塔吉克斯坦部队进入高度戒备状态。拉登发表声明再次否认参与“911”恐怖袭击事件。阿富汗塔利班向美国提出交出本拉登的先决条件，并向伊斯兰和穆斯兰国家寻求帮助。
美国要打阿富汗的消息立刻在中文论坛上引起了轩然大波。阿富汗面积65万多平方公里，人口2100万。位于亚洲的中西部、欧亚大陆的交接处的内陆国家，东北角狭长地带与中国毗邻，北接塔吉克斯坦、乌兹别克斯坦、土库曼斯坦，西与伊朗、南和东与巴基斯坦相邻。其特有的位置有着重要的战略地位。塔利班统治下的阿富汗人均年收入只有380美元，是世界上最穷的国家之一，人均寿命只有46岁，男性文盲高达68.5%，但毒品的种植和产量却名列第一。
网络中文论坛上的多数人认为美国是借打击恐怖主义在中亚确立美国的政治和军事存在。配合北约东扩和对中亚地区的渗透，可以实现对俄罗斯南面的拉网式包围，从背后威胁、遏制中国。还有很多人回想起了1979年苏联入侵阿富汗的历史，那次“北极熊南下”的行动，也被看成是对中国形成战略包围的一部分。
有意思的是，拉登也正是在1979年苏联入侵阿富汗时离开家庭，参加了阿富汗抵抗前苏联斗争的。拉登的家族是阿拉伯世界最大的建筑商，他个人受过良好教育，靠石油及建筑业发财，在沙特阿拉伯和西方国家拥有数家公司，个人财产估计达数十亿美元。阿富汗战争时的本拉登不仅得到了美国的大力支持，甚至还有人将其称为“英雄”。拉登的许多阴谋诡计和暴力手法就是从中央情报局那里学来的。美国给了这些“抗苏斗士”们大量援助，中央情报局每年拨出5亿美元军费来武装和训练贫穷且手无寸铁的游击队员。美国高科技武器中的不少尖端产品陆续进入了拉登的兵器库。没想到1989年苏联从阿富汗撤军后，特别是1991年海湾战争爆发后，拉登开始认为美国已取代前苏联成为“伊斯兰世界新的恶魔”。并宣称：“美国人是真正的恐怖分子”，华盛顿在中东的驻军是“十字军”。