此事后经相关人士传抵台北，在学界和有关研究单位中流传甚广；台湾的情报机关得悉此事，又一次哭笑不得。
台湾“总统”投票选举之前一天的3月19日，陈水扁、吕秀莲在民进党的传统支持区台南市进行“扫街拜票”活动，受到狂热追捧，手摇绿旗的支持者站满了街道的两侧欢迎陈、吕车队，现场呼喊声不绝于耳。两人同站在一辆红色、敞篷的小型吉普车后车厢上，车的前座左边是驾驶员，右边坐着“总统府侍卫长陈再福，陈、吕两人身后各站着一名警卫。陈、吕座车的前方是供新闻媒体拍摄的新闻车、后面是警卫及医护座车，左右两侧是警卫摩托车队护卫。
13时45分，当陈、吕座车行进到台南市金华路三段时，支持者燃放的鞭炮声不断，街面上鞭炮硝烟弥漫。13时50分左右，媒体开始察觉陈、吕有异状，接着东森等电视新闻频道开始报道说，陈水扁可能“被鞭炮炸伤额角”；14时左右，媒体开始改报道陈、吕“遭枪击受伤送医”；此后，又有陆续报道，陈水扁伤在腹部，吕秀莲伤在膝盖，送台南奇美医院紧急救治，其支持者聚集医院外关切，以及陈、吕两人均无生命危险……
15时30分，总统府秘书长邱义仁在台北召开记者会，说明陈、吕遭到不明枪击受伤，并宣布“国安机制已经启动”。
16时12分，台湾选务机构宣布选举照常举行。
16时40分，连战给陈水扁打电话询问伤情，但只是陈再福接的电话，说陈水扁不方便接电话，并回答说陈水扁没有生命危险，没有开刀，要他们“放心啦”。
17时30分，连战紧急召开记者会，宣布取消原订在台北、桃园、台中、高雄举行的4场大型造势活动。同时谴责暴力，质问“关键时刻为何发生这样的事”。随后，陈吕竞选总部也宣布取消造势活动。
17时30分，国亲联盟召开记者会，要求相关单位说明事件真相，让民众安心。
19时45分，陈水扁、吕秀莲离开奇美医院，乘专用直升机飞回台北，21时抵台北后直接回家中休息。
就在19日陈水扁遭枪击当天，国安局长的蔡朝明一得到消息就立刻赶往案发地台南市。在飞机上打了两通卫星电话，一次打给华盛顿、一次打给美军太平洋司令部，让美方在第一时间了解陈水扁被枪击。因为他深知事态的严重性。这一重大事件很可能已涉及大陆对台动武的底线。蔡朝明希望美方注意解放军动态，约束解放军行动，避免台海发生战事。
同样是在19日，台军宣布将在投票日前后实施“重点戒备”，“外防突袭、内防突变”，从19日下午5时正式开始，将至21日上午8时为止。
当晚，虽然电视媒体不间断地播放陈、吕遭枪击前后的有关画面及讯息，但仍然是情况不明，各种传言揣测满天飞。岛内选民的情绪伴随着新闻的披露而起起落落，在汹涌暗潮中度过了难眠之夜。第二天，3月20日民众投票平静,但却得到了一个迥异于主流预计的选举结果。
台湾“大选”揭晓，陈水扁以6471970对6442452票险胜。得票率是50.1%，这0.1个百分点，难道这里边没有一点戏剧化和“气数”的意味？
3月21日，大批蓝营的支持者集会抗议选举不公，并要求重新验票。抗议行动不仅在台北出现，在台中、高雄等地还有打警察、烧警车等过激表现。n的民调显示，62%的网民认为，台湾总统大选不公平，只有38%认为这次选举是公正的。而美国和英国的新闻媒体对于陈水扁当选后是否能保持台湾政局的稳定，也都表示关注和疑虑。
枪击案的疑点是明显的，论坛上的争论也是针锋相对的。很多人的第一印象就是：这是一起历史关键时刻的国会纵火案。于是有网友说：《扁的胜利即大陆武统派的胜利》，陈水扁的连任，已经把政治解决即和平解决台湾问题的空间压缩为零，大陆的和统派，将彻底失去发声的空间。
就在台湾政局风云莫测的时刻，3月24日早上5:00，冯锦华、张立昆等7名中国大陆民间保钓人士成功登上了钓鱼岛，拆毁了日本右翼团体在岛上兴建的石碑及建筑，并插上了五星红旗。他们是在23日凌晨1时乘坐一艘100吨的渔船从浙江乐清市黄华港迎着6级风浪出海的，共有16名志愿者参加了这次保钓行动。
[思维教练]早晨上网一看到这个消息，和所有人一样，神经立刻就绷紧了。他还没来及多想。安妮就已经在qq里不停地追问他了。[思维教练]也只能简单地说：“这个时间、这个地点都是敏感的不能再敏感了。事情还不知道如何发展，弄不好绝不亚于扭转台湾总统选情的‘第一枪’。”
网上也马上有网友说：这次保钓行动虽然是以民间组织的名义进行，却一定有官方背景。否则“中国民间保钓联合会”就不会在去年底获准成立，其网站也不可能在今年2月开通。这些人甚至断言：中国官方对民间保钓运动的立场已经发生了转变。
24日下午3点37分，日本直升机空降11名防暴警察到钓鱼岛上，与保钓七勇士开始了对峙。与此同时，准备返回钓鱼岛接回登岛保钓志愿者的船只受到日本军舰和飞机的围堵。下午4点，日本直升机空降的防暴警察达到18名，7位登上钓鱼岛的中国民间保钓人士被日本海上保安厅人员扣留，以“非法入境”罪名送往冲绳首府那坝。
当日，北京市民两度到日本驻中国大使馆外示威，对日本阻挠并拘押中国民间保钓者的行为表示抗议，晚间的示威规模最大，聚集人数多达四五百，成为1999年美国轰炸中国驻南斯拉夫大使馆后，北京市民到外国驻华使馆示威人数最多的一次，但北京警方并无干预。
网上更是群情激奋，有网友说：中国要是有韩国保卫独岛那样的决心和气魄就好了。还有网友说《日本接了个热山芋》。并提醒大家：美国国务院发言人埃雷利不仅只字不提“日美安保条约”，反而不顾日本人的脸面，说对“钓鱼台主权最终归属问题上，没有立场。”这就有好戏看了。……
就在中国民间保钓七勇士登上钓鱼岛的同时，一首短诗也在网上飞速流传着，《母亲，我是钓鱼岛！》：
我不是你汪洋里孤苦伶仃的水草，
任凭咸涩和风雨来把我飘摇。
七百年来挥之不去的魂牵梦绕，
母亲啊，我是你瞻望大海的
那一弯睫毛。
母亲，我是钓鱼岛！
……
我不是你衣角上可有可无的珠宝，
是炎黄的姓氏让我忠心照耀。
七百年来挥之不去的魂牵梦绕，
母亲啊，我是你开拓大海的
那一尊火炮。
母亲，我是钓鱼岛！
……
随后，日本外务省并立即召见中国驻日大使武大伟表达抗议：“……日中两国已就此类事件数度磋商，希望今后不要一而再、再而三重演。”日本官方和媒体都作出强烈反应，异口同声地表示“尖阁诸岛”（钓鱼岛的日本名称）是日本的“固有领土”。
中国外交部发言人则说：“……中国政府一向主张通过谈判解决。我们要求日方冷静对待，不得采取任何危害他们人身安全的行动。”
这让[思维教练]失望至极，什么也不想多说了。
安妮在qq中继续追问，[思维教练]只能说：“钓鱼岛与台湾问题密切相关！钓鱼岛处在大陆架上，附属于台湾岛，位于台湾东北120海里处，距我国福州和日本的那霸基地都是420公里左右。现在，钓鱼岛的实际控制权在日方手中，这次保钓事件再次说明这一点。试想在距台湾这样近的地方，如果任由日本舰队自由游弋，大陆方面如何展开渡海作战攻势？失去钓鱼岛海域的制海权，台湾海峡的渡海作战部队的侧翼，将完全暴露于美、日海军舰队的威胁面前。不要忘了美军在东亚的直接性战术基地，比如日本的横滨、横须贺，驻韩美军基地，都在必经钓鱼岛海域的东北方向，这是最近距离，也是最后防线。这些基地多常驻美军舰艇和战机甚至航母，在开战时能够直接出动。”
“这次保钓登岛会不会有什么更深的背景呢？”安妮问了自己最关心的问题。
“这次保钓登岛确实很奇怪。如果真是背后有更高层的安排那就太糟了。与后续的外交部发言相对照，至少说明高层存在严重的不协调，甚至严重分析。我宁愿相信这只是一种巧合。”
[思维教练]越说越激动，把原本不愿意在网上说的话向安妮一吐为快：“如果大陆方面真的准备武力攻台，那么这次保钓行动就是最好的试探。如果日本不准备干预大陆武力攻台，就会放任他们登岛并自由离去。顶多在事后进行一些外交上的抗议，保留以后钓鱼岛谈判的借口。象现在这样派出警察等准军事组织将民间保钓扣留并押往冲绳，还是第一次，这种强硬立场表明了日本干预大陆方面武力攻台的决心。于此相反，大陆官方对此并没有表现出强硬的立场，或者说这次民间保钓登岛的试探没有成功，大陆根本没有做好武力攻台的准备。除非大陆只对台湾进行导弹袭击，军队不跨过台湾海峡——这种方法实际上是不可能真正统一台湾的的。”